Мутационное давление в гене Adenomatous polyposis coli в опухолевых клетках

Abstract

Ген, кодирующий белок APC (Adenomatous polyposis coli) человека, часто вовлекается в процесс развития злокачественных новообразований. В результате нонсенс мутации в этом гене соответствующий белок перестаёт связывать бета-катенин, что приводит к запуску неконтролируемой пролиферации клетки без поступления внешнего сигнала (без связывания Wnt с рецептором). Другой механизм потери С-концевого бета-катенин связывающего домена – альтернативный сплайсинг. Направление мутационного давления в гене (относительно консенсусной последовательности) можно определить по записям о зафиксированных нуклеотидных заменах из баз данных Ensembl и COSMIC. Об отрицательном отборе мутаций (стабилизирующем отборе) свидетельствует достоверное превышение частотой синонимичных замен частоты миссенс замен. В случае положительного (расщепляющего) отбора, наоборот, частота миссенс мутаций достоверно превышает частоту мутаций синонимичных.