Дизайн вакцинного пептида из нейраминидазы вируса птичьего гриппа H5N6

Abstract

Статья посвящена поиску структурно стабильного консервативного эпитопа нейраминидазы вируса птичьего гриппа H5N6. Поведён анализ единственной трёхмерной структуры нейраминидазы данного штамма вируса гриппа в сравнении с таковой для пандемического вируса свиного гриппа H1N1. Использован оригинальный алгоритм PentaFOLD 3.0 для поиска структурно устойчивых элементов вторичной структуры. В качестве перспективного вакцинного пептида предложен таковой, соответствующий бета-шпильке с консервативной поверхностью, экспонированной внутрь полости, содержащей активный центр фермента.

The article is on the search of the structurally stable and conserved epitope of avian flu H5N6 virus neuraminidase. The analysis of the only one known three- dimensional structure of that Influenza strain has been performed in comparison with the same protein from the pandemic swine flu H1N1 strain. The original algorithm PentaFOLD 3.0 has been used for the detection of structurally stable elements of secondary structure. As the most promising vaccine peptide we have suggested the one that corresponds to the beta-hairpin with conserved surface that is exposed inside the cavity containing an active center of the enzyme.