Валидация модельных мишеней группы ацилтрансфераз в поиске новых ингибиторов синтеза миколовых кислот

Abstract

Аннотация. Целью исследования явилась сравнительная оценка эффективности связывания Ривароксабана с β-кетоацил[АСР]синтазами I и III in silico. При помощи методов молекулярного докинга и компьютерных средств визуализации были определены параметры и топология комплексов Ривароксабана с мутантными β-кетоацил[АСР]синтазой I (Сys171Gln) и β-кетоацил[АСР]синтазой III (Сys112Ala), которые имитируют открытую конформацию соответствующих ферментов, участвующих в синтезе миколовых кислот. Рекомендуется использовать данные модели в качестве мишеней для последующих экспериментов in silico по поиску новых ингибиторов биосинтеза жирных кислот микобактерий и изучению механизма их действия.

Summary. The research objective was to estimate the efficiency of binding Rivaroxaban to β-ketoacyl[ACP]synthase I and III in silico. Using molecular docking methods and computer visualization tools, the parameters as well as topology of Rivaroxaban complexes with mutant β-ketoacyl[ACP]synthase I (Cys171Gln) and β-ketoacyl[ACP]synthase III (Cys112Ala) were determined, the latter mimic the open conformation of the corresponding enzymes involved in the synthesis of mycolic acids. It is recommended to use these models as targets for subsequent in silico experiments to search for new inhibitors of mycobacterial fatty acid biosynthesis and to study their mechanism of action.