Молекулярно-генетический анализ пациентов детского возраста с воспалительными заболеваниями кишечника

Abstract

Материалы и методы. Проведен анализ данных полноэкзомного секвенирования 46 пациентов с ВЗК. Оценку патогенности выявленных вариантов нуклеотидной последовательности проводили согласно критериям, рекомендованным в Руководстве по интерпретации данных, полученных методами массового параллельного секвенирования. Все расчеты проводились в статистическом пакете R, версия 4.1. Результаты анализа считались статистически значимыми при р<0,05. Результаты. По результатам молекулярно-генетического анализа у 35 (76,1%) пациентов с диагнозом ВЗК было определено носительство гетерозиготных вариантов с патогенным значением либо вариантов с неопределенной значимостью в генах, ассоциированных с ВЗК и метаболическими заболеваниями. Около 70% выявленных в нашем исследовании вариантов являются общими как для пациентов с БК, так и для пациентов с ЯК, что подчеркивает значительное генетическое перекрытие при этих заболеваниях. В нашем исследовании мутации в генах CFTR, ITK, NOD2, PIK 3CD, STXBP2 были общими как для пациентов с ЯК, так и для пациентов с БК; в генах COL7A1, KAT6A, PMM2, SI – как для пациентов с ЯК, так и для пациентов с НК, а в гене UNC13D – для пациентов с ЯК, БК и НК. Варианты с патогенным клиническим значением выявлены у 6 (40,0%) пациентов с ЯК, у 2 (15,4%) – с БК и 4 (57,1%) – с НК. Заключение. Молекулярные методы могут стать важным диагностическим инструментом при обследовании детей с ВЗК, особенно это касается пациентов с очень ранним началом и тяжелыми фенотипами заболевания. Мы предполагаем, что при некоторых ВЗК гетерозиготные варианты в генах, которые, как считается, вызывают ВЗК посредством аутосомно-рецессивного наследования, могут способствовать клинической картине.

Materials and methods. The analysis of whole-exome sequencing fi ndings of 46 IBD patients was performed. The pathogenicity of the identifi ed nucleotide sequence variants was assessed according to the criteria recommended in the Guide to Interpretation of Data Obtained by Massively Parallel Sequencing Methods. All calculations were performed in the R statistical package, version 4.1. The analysis results were considered statistically signifi cant at p<0.05. Results. According to the results of molecular genetic analysis, 35 (76.1%) patients diagnosed with IBD were found to be carriers of heterozygous variants with pathogenic signifi cance or variants with uncertain signifi cance in genes associated with IBD and metabolic disorders. Nearly 70% of the variants identifi ed in our study were common to both CD and UC patients, thus emphasizing a signifi cant genetic overlap in these diseases. In our study, mutations in the CFTR, ITK, NOD2, PIK3CD, STXBP2 genes were common to both UC and CD patients; in the COL7A1, KAT6A, PMM2, SI genes to both UC and IC, and in the UNC13D gene to UC, CD, and IC. Variants with pathogenic clinical signifi cance were identifi ed in 6 (40.0%) patients with UC, 2 (15.4%) with CD, and 4 (57.1%) with IC. Conclusion. Molecular methods may become important diagnostic tools in IBD children screening, especially in those wi th very early onset and severe disease phenotypes. We hypothesize that in some IBDs, heterozygous variants in genes thought to cause IBD via autosomal recessive inheritance may contribute to the clinical picture.