Соматические мутации при плоскоклеточном раке слизистой оболочки рта

Abstract

Методы. Материалом для исследования являлись 24 образца изменённого эпителия пациентов с плоскоклеточным раком слизистой оболочки ротовой полости. Для выделения ДНК из образцов использовали набор «QIAamp DNA FFPE Tissue Kit» (Qiagen, Германия). ДНК-секвенирование выполняли при помощи секвенатора Illumina NextSeq 550 с использованием набора реагентов TruSight™ Oncology 500 DNA Kit, For Use with NextSeq (Illumina, США). Все операции по экстракции ДНК из биологических образцов, подго- товке ДНК-библиотек и их секвенированию выполняли пошагово в строгом соответствии с инструкциями, прилагаемыми к соответствующим наборам реагентов. Биоинформационный анализ был выполнен опытным специалистом с использованием специализированного программного обеспечения Illumina BaseSpace и Galaxy Project и в соответствии с актуальными рекомендациями. Результаты. Выявленные в настоящем исследовании патогенные и вероятно патогенные варианты генов ERCC3, HOXB13, KRAS, MSH3, MSH6, PIK3CA и TP53 с высокой вероятностью (ОР 90-22000) ассоциированы с развитием плоскоклеточного рака слизистой оболочки ротовой полости. Заключение. Данная информация позволяет разработать ПЦР- и NGS-тест-системы для прогнозирования развития и ранней диагностики плоскоклеточного рака слизистой оболочки ротовой полости.

Methods. The samples (n=48) of altered oral mucosal epithelium of patients with oral mucosal leukoplakia (n=24) and oral squamous cell carcinomas (n=24) were the material for the study. The QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Germany) was used to isolate DNA from the samples. DNA sequencing was performed with Illumina NextSeq 550 sequencer and TruSight™ Oncology 500 DNA Kit, For Use with NextSeq (Illumina, USA). All operations for DNA extraction from biological samples, preparation of DNA libraries, and sequencing were performed step by step in strict accordance with the instructions supplied with the reagent kits. The bioinformatic analysis was performed by an experienced professional using Illumina BaseSpace and Galaxy Project specialized software and in accordance with current guidelines. Results. Identified pathogenic and probably pathogenic variants in ERCC3, HOXB13, KRAS, MSH3, MSH6, PIK3CA, and TP53 genes are associated with a high probability (RR 90-22000) of oral squamous cell carcinomas development. Conclusion. This information allows working out PCR and NGS test systems for predicting the development and early diagnosis of oral squamous cell carcinomas.