Выбор оптимального метода конструирования третичной структуры белков на примере изоформы P00749-2 урокиназы

Abstract

Реферат. Урокиназа существует в виде нескольких изоформ, но только для одной из них установлена кристаллографическая структура, информацию о которой можно получить в Protein Data Bank. Поэтому актуальным является моделирование пространственной структуры белков in silico, для которых пока не определена третичная структура при помощи физических методов исследования. В настоящей работе проведено сравнение качества 3D-моделей изоформы урокиназы P00749-2, полученных с использованием MODELLER, Phyre2, Robetta и SWISS-MODEL. Установлено, что использование сервиса SWISS-MODEL является наиболее оптимальным для прогнозирования третичной структуры изоформ урокиназы.

Urokinase exists in the form of several isoforms, but only one of them has a crystallographic structure, information about which can be obtained in the Protein data bank. Therefore, it is relevant to model the spatial structure of proteins in silico, for which the tertiary structure has not yet been determined using physical research methods. This work compares the quality of 3D models of urokinase isoform P00749-2, obtained using MODELLER, Phyre2, Robetta and SWISS-MODEL. It was revealed that the use of the SWISS-MODEL service is the most optimal for predicting the tertiary structure of urokinase isoforms.