Мутационный профиль участка NSP5 вируса SARS-COV-2, связанного с резистентностью к ингибиторам протеазы

Abstract

Изучение мутаций в геноме SARS-CoV-2 имеет ключевое значение для понимания механизмов формирования устойчивости к противовирусной терапии. Целью работы было охарактеризовать мутационный профиль в участке nsp5 генома SARS-CoV-2 и оценить генотипическую резистентность к ингибиторам основной протеазы в клинических образцах вариантов SARS-CoV-2. Проанализированы 317 последовательностей nsp5 SARS-CoV-2, собранных в Беларуси в 2021–2025 гг. Мутации выявлены в 91,5 % последовательностей, основная из которых – P132H, зафиксированная у 90,5 % образцов и статистически ассоциированная с вариантами линии Омикрон. Дополнительные редкие замены (M17I/V, T45N, K90R, P241L и др.) чаще встречались в сочетании с P132H, тогда как ранние одиночные мутации (A234T, V303I) встречались в вариантах сублинии B.1 и Альфа. Обнаруженные замены могут потенциально снижать эффективность ингибиторов, однако подтвержденной генотипической резистентности к нирматрелвиру и энситрелвиру выявлено не было. Полученные данные подчеркивают необходимость постоянного молекулярного надзора для выявления резистентности.

The study of SARS-CoV-2 genome mutations is crucial for understanding the mechanisms underlying the development of resistance to antiviral therapy. The aim of this work was to characterize the mutational profile of the nsp5 region of the SARS-CoV-2 genome and to assess genotypic resistance to main protease inhibitors in clinical samples of SARS-CoV-2 variants. A total of 317 nsp5 sequences of SARS-CoV-2 were collected in Belarus between 2021 and 2025. Mutations were identified in 91.5 % of sequences, with P132H being the predominant substitution, detected in 90.5 % of samples and statistically associated with Omicron lineages. Additional rare substitutions (M17I/V, T45N, K90R, P241L, etc.) were frequently observed in combination with P132H, whereas early sporadic mutations (A234T, V303I) were found in B.1 and Alpha lineages. The detected substitutions may potentially reduce the effectiveness of protease inhibitors; however, no confirmed genotypic resistance to nirmatrelvir or ensitrelvir was identified. These findings highlight the need for continuous molecular surveillance to monitor resistance.