Метод высокопроизводительного секвенирования нового поколения для изучения полного генома Staphylococcusspp

Abstract

В работе представлены результаты первого полногеномного секвенирования Staphylococcusaureus в Республике Беларусь. Исследован штамм Staphylococcusaureus BLR-DV, выделенный из мочи 73-летнего пациента с урологическим сепсисом. Высокопроизводительное секвенирование генома выполняли с использованием технологии MiSeq, Illumina и MiniOn, Nanopore. Сборка осуществлена 25 июня 2020 г. программами SPAdes v. 3.14; A5-miseq v. 20160825; Flye v. 2.7b; Canu v. 1.8. Покрытие генома составляло 400.0x. Секвенированный геном изолята Staphylococcusaureus BLR-DV размером 2,969,706 пар нуклеотидов загружен в генетический банк Gen Bank; код доступа CP058312.1. Данный изолят также содержал две плазмиды — pSTA-BLR-MRSA-DV-1 (код доступа Gen Bank — CP058313.1)и pSTA-BLR-MRSA-DV-2 ((код доступа Gen BankCP058314.1) размером 2979 п. о. и 2348 п. о. Cодержание G+C составляло 32,9 %. В функциональной организации генома установлено наличие 278 субсистем, которые кодируют 2839 белков, 77 молекул РНК. Полученные экспериментальные данные по структуре полного генома Staphylococcusaureu sBLR-DV позволяют оценивать резистентность изолята к противомикробным лекарственным средствам, а также выявлять генетические особенности, важные для эпидемиологического типирования.

The article represents the results of first whole genome sequencing of Staphylococcus aureus in Belarus. The Staphylococcus aureus BLR-DV strain isolated from the urine of a 73 year old patient with urological sepsis was studied. High performance genome sequencing was performed using MiSeq, Illumina and MiniOn, Nanopore technology. The assembly was carried out on June 25, 2020 by softwares SPAdes v. 3.14; A5-miseq v. 20160825; Flye v. 2.7b; Canu v. 1.8. Genome coverage 400.0x.The sequenced genome of the Staphylococcus aureus BLR-DV contained 2,969,706 base pairs and was uploaded to the GenBank, NCBI (accession code CP058312.1). This isolate also contained two plasmids — pSTA-BLR-MRSA-DV-1 (GenBank accession code CP058313.1) and pSTA-BLR-MRSA-DV-2 (GenBank access code CP058314.1) with the sizes 2979 bp и 2348 bp correspondingly.The G + C content was 32,9 %. The functional organization of the genome was represented by 278 gene cluster subsystems, which encoded 2839 proteins and 77 RNA molecules. The obtained experimental data on the structure of the Staphylococcus aureus BLR-DV whole genomemay have fundamental and clinical application — resistance assessment to antimicrobial drugs, as well as epidemiological surveillance of MRSA outbreakes.