Практические аспекты выбора метода моделирования третичной структуры изоформы P00749-2 урокиназы

Abstract

Анннотация. Целью работы явилось сравнение качества третичных структур изоформы P00749-2 урокиназы (фермента, участвующего в процессах роста опухолей и распространении раковых клеток), полученных путем моделирования in silico, с использованием программ MODELLER, Phyre2, Robetta и SWISS-MODEL. После проведения сравнительного анализа на предмет качества полученных моделей сервис SWISS-MODEL был рекомендован как наиболее оптимальный для моделирования изоформ урокиназы.

Annotation. The aim of the study was to compare the quality of tertiary structures of the urokinase isoform P00749-2 (urokinase is an enzyme involved in the processes of tumor growth and the spread of cancer cells), which were obtained by modeling in silico in MODELLER, Phyre2, Robetta and SWISS-MODEL. After carrying out a comparative analysis for the quality of the received models, the SWISS-MODEL service was recommended as the most optimal for the modeling of urokinase isoforms.