Разработка скрипта множественного молекулярного докинга и его валидация при сравнении экспериментов in silico для глюкокиназы

Abstract

Реферат. На основании анализа и сравнения принципов молекулярного докинга и алгоритма работы различных программ молекулярного моделирования был проведен скриптинг утилиты на базе AutoDock Vina для виртуального скрининга аффинности лигандов к выбранной биологической мишени. Разработанный алгоритм для создания программы множественного молекулярного докинга демонстрирует высокую эффективность, точность при определении аффинности лигандов к протеинам-мишеням. Тестирование программы на различных наборах данных подтвердило ее способность к корректной обработке и анализу больших объемов данных. Сравнение результатов, полученных с помощью разработанной программы, с результатами, полученными с использованием других программ, в частности в исследовании in silico аффинности ряда лигандов к глюкокиназе, подтвердило высокую точность и производительность утилиты, а также соответствие результатов, полученных при работе на базе программного обеспечения AutoDock Vina и AutoDock 4.

When analyzing and comparing different molecular docking tools as well as the operating algorithm of various molecular modeling programs, AutoDock Vina based tool was proposed for virtual screening of the affinity of ligands for a selected biological targets. The developed method for creating a multiple molecular docking script is efficient and accurate in determining the affinity of ligands for protein targets. The utility software was tested on various databases and validated in silico for glucokinase. Comparing the results from utility software developed with the other programs ensures reliability with the high accuracy as well as the consistency of the results obtained when working on the AutoDock Vina and AutoDock 4 software; the data meeting the experimental standards and being compatible with the other programs for screening.